Центром ансамбля является четырёхстолпный трёхглавый Троицкий собор, выстроенный в 1560-е гг. и позднее обстроенный живописными приделами и галереями с колокольней (не сохранились). По моде грозненского времени храм был многопрестольным. Каменная церковь Николая Чудотворца с трапезной впервые упомянута в писцовых книгах под 1581 г.

В начале XIX века стены собора были надложены, изменился его облик, храм стал пятиглавым. Тогда же были построены кельи и новая колокольня. В годы Великой Отечественной войны трапезная церковь была сильно разрушена. В 1960-е гг. собор был законсервирован, а Никольская церковь по-прежнему пребывает в руинах.

По некоторым мнениям, монастырь получил такое название оттого, что река Веряжа и безымянный ручей окружаемой местности, на которой стоит монастырь, имеют будто форму клопа.

Впервые упоминается под 1408 годом в связи с приходом в монастырь Новгородской республики св. Михаила Клопского.

Главной святыней монастыря являются мощи св. Михаила Клопского, почивающие под спудом на южной стороне Троицкой церкви.

По штатам 1764 года Клопский монастырь включили в число третьеклассных

Указом Святейшего Синода от 10 апреля 1913 года обращён в женский общежительный.

В 1934 году монастырь был закрыт. В 2005 году возвращён Новгородской епархии. Восстановление обители ведётся под руководством наместника игумена Иакова (Ефимова).